ตำบลนาหมอบุญเดิมเป็นชื่อของหม่อมบุญซึ่งตามประวัติได้มีหม่อมเณรน้อยหม่อม เณรใหญ่ ซึ่งเป็นต้นตระกูลของไชยพลบาล
และตระกูลเณรานนท์ได้อพยพหนีพม่ามาในช่วงปี พ.ศ. 2310 ได้เดินทางมาจนถึงเวลาค่ำจึงได้พักค้างคืนที่ต้นไม้ใหญ่
แต่ไม่สามารถหุงหาอาหารมื้อเย็นได้เพราะไม่มีน้ำแต่พอตกกลางคืนได้ยินเสียงกบร้องจึงทำให้ทราบว่าบริเวณใกล้ๆนี้น่าจะมีแหล่งน้ำอยู่
เพราะกบเป็นสัตว์ครึ่งบกครึ่งน้ำ จึงได้จุดคบไฟเดินไปตามเสียงกบจึงได้พบกับลำธารน้ำใหญ่ (ปัจจุบันคือคลองวังฆ้อง)
จึงได้นำน้ำมาหุงอาหารกินกันและได้พักอาศัยอยู่ในบริเวณดังกล่าวอย่างถาวรปัจจุบันคือ วัดวังฆ้อง เพราะเห็นว่าเป็นพื้นที่ที่เหมาะสม
มีความอุดมสมบูรณ์ และได้ให้หม่อมไพนารถ ไปตั้งเมืองอยู่ทางทิศตะวันออกเฉียงเหนือปัจจุบันเรียกว่า“บ้านเก่าไพนารถ” ตั้งอยู่
หมู่ 1 ตำบลสามตำบลให้หม่อมบุญไปตั้งเมืองอยู่ทางทิศตะวันออกเฉียงใต้ ปัจจุบันคือ
หมู่ 3 ตำบลนาหมอบุญ เรียกว่า “บ้านในวัง” เมื่อมีข้อราชการสำคัญก็จะมีการตีฆ้องเรียกประชุมผู้ที่ครองเมืองทั้งสาม
จะมาประชุมชี้แจง ข้อราชการซึ่งเป็นที่ทราบโดยทั่วกัน ต่อมาเมื่อมีการเปลี่ยนแปลงการปกครองจึงได้มีการรวมเมือง
ทั้งสามเมืองเข้าเป็นตำบลเดียวกันเรียกว่า “ตำบลสามตำบล”ส่วนตำบลนาหมอบุญได้ชื่อมาจาก
วัดนาหมอบุญ ซึ่งแยกมาจากตำบลสามตำบลในปี 2538